Vilniaus miesto Tarybos 2001 balandžio 18 d. sprendimu Vilniaus Užupio gimnazijos bendrojo lavinimo skyriaus pagrindu įsteigta nauja Petro Vileišio pagrindinė mokykla.
Petro Vileišio pagrindinės mokyklos bendruomenė nėra visiškai nauja , – nes į P.Vileišio pagrindinę mokyklą perėjo Užupio gimnazijos bendrojo ugdymo skyriaus moksleiviai ir mokytojai. Naujosios pagrindinės mokyklos bendruomenė – didžioji dalis Užupio gimnazijos bendruomenės, kurioje susiformavo tvirtos tradicijos ir yra stiprus mokytojų potencialas.
2001 gruodžio 12 dieną, Vilniaus miesto taryba patvirtino sprendimą, kuriuo sostinės Petro Vileišio pagrindinė mokykla įtraukta į Lietuvos švietimo įstaigų tinklo pertvarkymo ir atnaujinimo programą 2002 metams.
Renovacija
Iš Vilniaus mieste esančių 10 pagrindinių mokyklų tik dvi – Petro Vileišio pagrindinė mokykla ir Taikos pagrindinė mokykla – atitiko būtinąsias atrankos sąlygas: šių mokyklų pagrindinėse 1-10 klasėse mokosi ne mažiau kaip 450 vaikų. Atrankos komisija, įvertinusi visus kriterijus, pasiūlė programai teikti Petro Vileišio mokyklą.
Vilniaus miesto savivaldybė įsipareigojo skirti 25 proc. lėšų būsimam mokyklos atnaujinimui. Planuojama, kad tai sudarys apie 400-500 tūkst. litų. tiksli suma paaiškės atlikus mokyklos energetinį auditą. (Vilniaus miesto savivaldybė, 2001-12-13).
